Hoje, raros são os países que não reúnem suas Forças Armadas sob uma única agência de defesa, subordinado ao Chefe do Poder Executivo. No Brasil, até o ano de 1999, as três Forças Armadas foram permaneceu em ministérios independentes. No entanto, a discussão sobre a criação de um Ministério da Defesa, integrando a Marinha, do Exército e da Aeronáutica é antiga. A Constituição de 1946 já citava a criação de um Ministério único, que resultou na instituição do EMFA, com o tempo o nome de General pessoal Gerais.
Ex-Presidente da República Marechal Castello Branco, defendeu a tese da criação de um Ministério da Defesa. Ele assinou o Decreto 200, de 25 de fevereiro de 1967, que o Ministério das Forças Armadas previa a promoção de estudos para elaborar o projeto de lei criando. No entanto, a proposta foi abandonada. Durante o convencional Constitucional de 1988, o assunto voltou à discussão e mais uma vez ele foi arquivado. Finalmente, em 1992, o presidente Fernando Henrique Cardoso, então candidato à Presidência, declarou que no seu plano de governo a discussão para a criação do Ministério da Defesa estava previsto.
O Presidente da República pretende ainda criar o Ministério no primeiro mandato. A idéia era otimizar o sistema de defesa nacional, para legalizar uma política de defesa sustentável e integrar as três Forças, racionalizando as suas atividades. Mas somente em 10 de junho de 1999, o Ministério da Defesa foi oficialmente criado, o Estado Maior General das Forças Armadas extinto e da Aeronáutica e do Exército, Ministério da Marinha haviam sido transformados em Comandos.
Durante os anos 1995/96 o EMFA, responsável pelos estudos do Ministério da Defesa, constatou que, entre 179 países, apenas 23 não possuíam Forças Armadas integradas por um único Ministério. Desses 23, apenas três, entre eles o Brasil, possuíam dimensões políticas para justificar a sua criação, como por exemplo, extensão territorial e treinada e estruturada das Forças Armadas.
Os Ministérios da Defesa da Alemanha, Argentina, Chile, Espanha, EUA, França, Grã-Bretanha, Itália e Portugal tinham sido escolhidos para análise aprofundada porque eles possuíam algum tipo de identificação com o Brasil, como extensão territorial, população, o dinheiro do Forças Armadas, entre outros.
Para dar continuidade aos estudos de criação, o presidente Fernando Henrique Cardoso criou o Grupo de Trabalho Interministerial que definiu as diretrizes para a implantação do Ministério da Defesa. Reeleito, ele nomeou o senador Élcio Álvares, ministro Extraordinário da Defesa, em 1 º de janeiro de 1999. O senador foi o responsável pela implantação da agência.
Os três serviços são separados uns dos outros, excepto em três domínios: o das Forças Armadas (Estado-Maior das Forças Armadas - EMFA), o Conselho de Defesa Nacional (Conselho de Defesa Nacional - CDN) e das Forças Armadas Alto Command (Alto Comando das Forças Armadas - CCPA). O EMFA, que está envolvida no planejamento e coordenação, interpreta vistas interserviços sobre a política e vem mais próximo a funcionar como um ministério da defesa. É chefiado por um general de quatro estrelas, e da cadeira gira entre os serviços. O CCPA é envolvido com mais imediato, os problemas do dia-a-dia. É composto pelos ministros dos três serviços, os seus chefes de equipe, eo chefe do EMFA.
De acordo com o artigo 91 da Constituição, o CDN é o "órgão consultivo do Presidente da República nos assuntos relacionados à soberania nacional ea defesa do Estado democrático." Os membros do CDN é o presidente, o vice-presidente, o presidente da Câmara dos Deputados, o presidente do Senado, o ministro da Justiça, os ministros militares, o ministro das Relações Exteriores, eo ministro do Planejamento. A CDN tem autoridade para "emitir um parecer nos casos de declaração de guerra ea celebração da paz" e "expressar uma opinião sobre a decretação do estado de emergência, estado de sítio ou de intervenção federal." Além disso, o CDN está autorizado a propor os critérios e condições para a utilização de áreas que são vitais para a segurança do território nacional e opinar sobre seu uso contínuo, especialmente na faixa ao longo das fronteiras, e sobre assuntos relacionados à conservação e à exploração dos recursos naturais de qualquer tipo. " O CDN também podem "estudar, propor e acompanhar o progresso de iniciativas necessárias a garantir a independência nacional ea defesa do Estado democrático."
Curiosamente, o órgão consultivo mais alto nível à disposição do presidente é o Conselho da República (Conselho da República). Este órgão não inclui qualquer ministro militar ou policial, embora o presidente pode recorrer a um ministro militar para participar, se o assunto está relacionado com a agenda do ministério respectiva. De acordo com o artigo 89 da Constituição, o Conselho da República tem autoridade para fazer declarações de intervenção federal, estado de emergência e estado de sítio (todas as questões relacionadas à segurança).